اقترح دالتون في نظريته أن الذرة تحتوي على جسيمات
 

لا، لم يقترح دالتون في نظريته الذرية أن الذرة تحتوي على جزيئات أصغر منها. بل بالعكس، يقترح أحد الفروض في نظريته أن الذرة هي أصغر جزء من المادة ولا يمكن تجزئتها أكثر من ذلك.

اعتبر دالتون الذرة الوحدة الأساسية غير القابلة للتجزئة، ولم يتطرق لتركيبها الداخلي أو احتمال وجود مكونات داخلها. واكتفى باعتبارها جزيئات صغيرة جدًا ومتجانسة في العنصر الواحد.

اكتشاف وجود جزيئات داخل الذرة جاء بعد ذلك على يد علماء آخرين مثل:

اكتشاف الإلكترون عام 1897 من قبل ج. ج. طومسون.
اكتشاف النواة عام 1909 من قبل إرنست راذرفورد.
اكتشاف البروتون عام 1918 من قبل راذرفورد أيضًا.
اكتشاف النيوترون عام 1932 من قبل جيمس تشادويك.

هذه الاكتشافات أحدثت تطورًا كبيرًا في فهم بنية الذرة ومكوناتها، وأثبتت أنها ليست وحدة غير قابلة للتجزئة، بل لها بنية داخلية معقدة.