رغم فوائد العمل الجماعي، إلا أن هناك بعض التحديات التي قد تعيق الابتكار، منها:

الخلافات بين أعضاء الفريق بسبب اختلاف وجهات النظر.
ضعف التواصل أو غياب الشفافية في نقل المعلومات.
الميل إلى التفكير الجماعي التقليدي وعدم تقبل الأفكار الجديدة.
توزيع غير عادل للمهام أو تحميل بعض الأعضاء عبء العمل.

للتغلب على هذه التحديات، يجب على القادة تشجيع الحوار البناء، وتقديم الدعم اللازم للأعضاء، وتطبيق آليات واضحة لحل النزاعات. كما يمكن الاستفادة من أدوات إدارة المشاريع الرقمية لتسهيل التواصل وتوزيع المهام بشكل عادل.